พันธกิจของสำนัก
1. กำหนดรูปแบบ หลักเกณฑ์ จัดทำข้อกำหนดโครงการอนุรักษ์ ฟื้นฟูและบำรุงรักษา เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการกักเก็บน้ำของแหล่งน้ำธรรมชาติและปรับปรุงอาคาร สิ่งก่อสร้างแหล่งน้ำที่มีอยู่เดิมให้ใช้งานได้อย่างมีประสิทธิภาพ
2. กำหนดมาตรการและการป้องกันเพื่อการอนุรักษ์ ฟื้นฟูและบำรุงรักษาแหล่งน้ำ
3. เฝ้าระวังและควบคุมการใช้และอนุรักษ์แหล่งน้ำธรรมชาติ ทั้งในด้านปริมาณและคุณภาพ
4. ให้ การสนับสนุนและคำปรึกษาด้านเทคนิควิชาการ การอนุรักษ์ ฟื้นฟูและบำรุงรักษาแหล่งน้ำ ให้กับคณะกรรมการลุ่มน้ำ หน่วยงานรัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นและประชาชน
5. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย