สำนักงานเลขานุการกรม
กองการจัดสรรน้ำ
กองพัฒนาแหล่งน้ำ 1
กองพัฒนาแหล่งน้ำ 2
กองยุทธศาสตร์และแผนงาน
กองวิเคราะห์และประเมินสถานการณ์น้ำ
กองวิจัย พัฒนาและอุทกวิทยา
กองอนุรักษ์ทรัพยากรน้ำ
ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
กลุ่มตรวจสอบภายใน
กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร