ส่วนอำนวยการ 

                มีหน้าที่รับผิดชอบงานธุรการ งานสารบรรณ งานการเงิน บัญชี พัสดุ และด้านบุคคลของสำนัก ประสานงานราชการต่าง ๆ ที่ไม่อยู่ในความรับผิดชอบโดยตรงของส่วนอื่น ตลอดจนปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่น ที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

ส่วนส่งเสริมการจัดการลุ่มน้ำ 

                มีหน้าที่รับผิดชอบศึกษา วิเคราะห์ แนวทางการบริหารจัดการลุ่มน้ำ และกำหนดรูปแบบการบริหารจัดการลุ่มน้ำ ส่งเสริม สนับสนุน ด้านการกำหนดกรอบแผนงานมาตรฐานเพื่อสนับสนุนการดำเนินการบริหารจัดการลุ่มน้ำ สร้างเครือข่ายองค์การบริหารจัดการลุ่มน้ำให้เกิดความเชื่อมโยงในลุ่มน้ำหลักของประเทศ กำหนดรูปแบบ ควบคุม กำกับ การจัดทำฐานข้อมูล ทะเบียนประวัติบุคลากรต่าง ๆ ขององค์กรบริหารจัดการลุ่มน้ำ ประสาน ติดตาม ประเมินผล การดำเนินการในการจัดตั้งองค์กรลุ่มน้ำ การดำเนินงานบริหารจัดการลุ่มน้ำของหน่วยงานปฏิบัติ  ตลอดจนปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่น ที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

ส่วนส่งเสริมการมีส่วนร่วม 

               มีหน้าที่รับผิดชอบกำหนดแนวทาง วิธีการดำเนินการประสานงานบริหารจัดการลุ่มน้ำ วิเคราะห์และหาแนวทางแก้ไขปัญหาข้อขัดแย้งและไกล่เกลี่ยกรณีพิพาท  ของกลุ่มผู้ใช้น้ำ องค์กรปกครองท้องถิ่น และประชาชน รวมถึงการส่งเสริมสนับสนุน การจัดกิจกรรมให้ทุกภาคส่วนมีความเข้าใจในการบริหารจัดการลุ่มน้ำแบบมีส่วนร่วม ให้คำปรึกษา แนะนำ ถ่ายทอดทางวิชาการ ให้แก่เจ้าหน้าที่ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น เพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการพัฒนาและบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ  ตลอดจนปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

ส่วนส่งเสริมและพัฒนา   

               มีหน้าที่รับผิดชอบวางแผน พัฒนา จัดทำหลักสูตร พัฒนาหลักสูตร วิธีและสื่อในการอบรม ดำเนินการฝึกอบรมและสัมมนาเพื่อเสริมสร้างขีดความสามารถให้กับบุคลากรด้านการบริหารจัดการลุ่มน้ำ คณะอนุกรรมการลุ่มน้ำ กลุ่มผู้ใช้น้ำ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และองค์กรประชาชน ให้คำปรึกษา แนะนำ ถ่ายทอดทางวิชาการ ให้แก่เจ้าหน้าที่ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น เพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการพัฒนาและบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ  ตลอดจนปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

ส่วนแผนงานและประเมินผล 

               มีหน้าที่รับผิดชอบในการจัดทำแผนยุทธศาสตร์ ภายในในสำนัก จัดทำแผนงานโครงการงบประมาณของสำนัก การติดตาม วิเคราะห์ และประเมินผลการปฏิบัติราชการ รวมถึงการจัดทำรายงานของสำนัก ให้บริการ  สนับสนุนข้อมูล และเผยแพร่ประชาสัมพันธ์ข้อมูลข่าวสารในส่วนที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย